一、材料
總RNA樣品或mRNA樣品,探針模板DNA(25 ng),尼龍膜
二、儀器
恒溫水浴箱,電泳儀,凝膠成像系統(tǒng),真空轉(zhuǎn)移儀,真空泵,UV 交聯(lián)儀,雜交爐,恒溫?fù)u床,脫色搖床,漩渦振蕩器,分光光度計(jì),微量移液器,電爐(或微波爐),離心管,燒杯,量筒,三角瓶,等.
三、試劑
NorthernMax Kit(Cat. # 1940,Ambion, Inc.),瓊脂糖,DEPC, X光底片,底片暗盒,Random Primer, dNTP Mixture,111 TBq/mmol[a-32P]dCTP,Exo-free Klenow Fragment和10 X Buffer, Sephadex G-50,SDS,雙氧水, 滅菌水等.
【方法與步驟】
1、用具的準(zhǔn)備:
180度烤器皿:三角錐瓶、量筒、鑷子、刀片等4小時(shí).
電泳槽:清洗梳子和電泳槽,并用雙氧水浸泡過(guò)夜,用DEPC水沖洗,干燥備用.
處理DEPC水(2 L)備用.
2、用RNAZaP去除用具表面的RNase酶污染.
用RNAZap擦洗梳子,電泳槽,刀片等,然后用DEPC水沖洗二次,去除RNAZap.
3、制膠:
1)稱取0.36mg 瓊脂糖加入三角錐瓶中,加入32.4mlDEPC水后,微波爐加熱至瓊脂糖完全熔解.60℃空氣浴平衡溶液 (需加DEPC水補(bǔ)充蒸發(fā)的水分)
2)在通風(fēng)廚中加入3.6ml的10* Denaturing Gel buffer,輕輕振蕩混勻.
注意盡量避免產(chǎn)生氣泡.
3)將熔膠倒入制膠板中,插上梳子
如果膠溶液上存在氣泡,可以用熱的玻璃棒或其它方法去除,或?qū)馀萃频侥z的邊緣.注:膠的厚度不能超過(guò)0.5cm.
4)膠在室溫下完全凝固后,將膠轉(zhuǎn)移到電泳槽中,加入1x MOPS Gel Running buffer蓋過(guò)膠面約1cm,小心拔出梳子.(配制250ml 1*MOPS Gel Running buffer,在電泳過(guò)程中補(bǔ)充蒸發(fā)的buffer.)
5)檢查點(diǎn)樣孔.
4、RNA樣品的制備
在RNA樣品中加入3倍體積的formaldehyde load dye和適當(dāng)?shù)腅B(終濃度為10ug/ml).混勻后,65℃空氣浴15min.短暫低速離心后,立即放置于冰上5min.
5、電泳:
1)將RNA樣品小心加到點(diǎn)樣孔中.
2)在5V/cm下跑膠(5x14cm).在電泳過(guò)程中,每隔30min短暫停止電泳,取出膠,混勻兩極的電泳液后繼續(xù)電泳.當(dāng)膠中的溴紛藍(lán)(500bp)接近膠的邊緣時(shí)終止電泳.
3)紫外燈下,檢驗(yàn)電泳情況,并用尺子測(cè)量18S、28S、溴紛藍(lán)到點(diǎn)樣孔的距離.
注意不要讓膠在紫外燈下曝光太長(zhǎng)時(shí)間.